Фамилия Фардукова — редкий случай в русском ономастиконе, и её разбор лучше начать не с корня, а с суффикса. Окончание -ов указывает на типичную русскую патронимическую модель: «чей?» — Фардуков, то есть сын или потомок человека по прозвищу или имени Фардук. Женская форма Фардукова, соответственно, означает «жена или дочь Фардукова». Сама основа вызывает вопросы: в русском языке нет общеупотребительного слова «фардук».

Скорее всего, фамилия имеет нерусские корни, адаптированные к русской словообразовательной модели. Наиболее вероятная версия — тюркское происхождение. В тюркских языках (например, татарском, башкирском, казахском) есть корень «фард» или «фарду», восходящий к арабскому «фард» — «обязанность, долг, предписание». В исламской культуре это слово часто входит в состав имён (например, Фардун, Фардулла). Прозвище Фардук могли дать человеку, который строго соблюдал религиозные или общественные обязанности, либо тому, кто был известен своей обязательностью и исполнительностью. Суффикс -ук в тюркских языках может указывать на уменьшительность или принадлежность, так что Фардук — это «тот, кто связан с долгом» или просто «исполнительный».

Менее вероятная, но возможная версия — связь с географическим названием. В некоторых регионах Поволжья и Урала встречаются топонимы с основой «фард» (например, село Фардуково в Башкортостане). В таком случае фамилия могла образоваться от названия места жительства: человек из Фардукова — Фардуков. Однако это скорее исключение, так как фамилии от названий сёл обычно имеют суффикс -ский (Фардуковский).

Географически фамилия Фардукова встречается крайне редко. Основные очаги — Татарстан, Башкортостан и соседние области, что подтверждает тюркскую версию. В дореволюционных метрических книгах и ревизских сказках эта фамилия почти не фиксируется, что указывает на её позднее оформление — вероятно, в XIX веке, когда крестьяне и мещане получали фамилии по прозвищам. Сословно предки Фардуковых, скорее всего, были государственными или помещичьими крестьянами, возможно, татарами-кряшенами или башкирами, перешедшими в православие, так как фамилия оформлена по русской модели.

Сравнение с однокоренными фамилиями даёт мало: Фардуллин, Фардунов, Фардуков — все они редки и восходят к той же основе. В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» и работах В. Никонова фамилия Фардукова не упоминается, что говорит о её локальном и нетипичном характере. Таким образом, носитель фамилии Фардукова может считать себя потомком человека, который в тюркской среде получил прозвище за свою обязательность или религиозное рвение, а затем его род был русифицирован через патронимический суффикс.