Фамилия Фартукова образована от прозвища Фартук. Основа здесь — нарицательное слово «фартук», то есть передник, который надевают во время работы, чтобы защитить одежду. Прозвище могли дать человеку, который постоянно носил фартук, либо тому, кто шил или продавал эти передники. Вторая версия правдоподобнее: в старину прозвища по ремеслу встречались чаще, чем по привычке к детали одежды.

В народном быту фартук был не просто рабочей одеждой, а предметом с символическим значением. По его положению гадали: покосившийся передник предвещал девушке скорый брак, а если фартук развязывался, считалось, что у какой-то женщины начались роды. В Белоруссии молодая жена, входя в дом мужа, переступала через расстеленный фартук свекрови — чтобы быть плодовитой. У болгар существовал суровый обычай: если невеста оказывалась не девственной, свекровь собирала в её белый свадебный фартук мусор из комнаты новобрачных и отправляла родителям молодой. В Полесье на крестинах кум бил горшок с «бабиной кашей» и бросал черепки в фартук молодухам, приговаривая: «Чтобы детки водились!» — так лечили и бесплодных женщин. При первом севе хозяйка наполняла фартук зерном, чтобы обеспечить урожай.

Слово «фартук» пришло в русский язык из немецкого (Fahrttuch) через польское посредство, и в северных говорах его нередко произносили как «хвартук» — отсюда и однокоренные фамилии Хвартуков, Хартуков. Фамилия Фартукова закрепилась в форме женского рода, что типично для русских фамилий на -ов/-ев: так записывали жен и дочерей носителя прозвища. Суффикс -ов указывает на принадлежность: Фартукова — дочь или жена Фартука.

Потомок человека с прозвищем Фартук со временем получил фамилию Фартукова. Точных сведений о знаменитых носителях этой фамилии нет, но её географическое распространение — преимущественно центральные и южные регионы России, где передник был обязательной частью крестьянского костюма.