Фамилия Фарисева — редкий случай, когда её основа напрямую отсылает к библейскому и историческому контексту, а не к бытовому прозвищу или профессии. В основе лежит слово «фарисей» — представитель религиозно-политического течения в древней Иудее. В русском языке это слово давно приобрело переносное, неодобрительное значение: лицемер, ханжа. Однако фамилия образовалась не от этой отрицательной характеристики, а от имени или прозвища, данного по внешнему сходству или поведению, либо — что вероятнее — от мирского имени Фарисей, которое в старину могли дать ребёнку, родившемуся в религиозной семье, без негативного оттенка.

Суффикс -ев указывает на типичную русскую патронимическую модель: Фарисев — «сын Фарисея». Форма Фарисева — женский вариант той же фамилии. Мужская форма Фарисев встречается крайне редко, и в официальных документах чаще фиксируется именно вариант на -ев, а не на -ов, что характерно для основ, оканчивающихся на мягкий согласный или на -й (в данном случае — на -ей).

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и украинским областям, где были распространены прозвища и фамилии, связанные с церковной и библейской лексикой. В дореволюционных переписях Фарисевы встречались в основном среди крестьян и мещан, что подтверждает версию о происхождении от мирского имени, а не от книжного прозвища интеллигенции. Священники и духовенство такую фамилию почти не носили, потому что для них «фарисей» было слишком однозначным и осуждаемым термином.

В отличие от фамилий, образованных от названий профессий (Кузнецов, Плотников) или от крестильных имён (Иванов, Петров), Фарисева стоит особняком: она несёт в себе отпечаток народной библейской грамотности. Предок носителя этой фамилии, скорее всего, получил прозвище Фарисей не за лицемерие, а за начитанность, любовь к поучениям или просто за то, что его так назвали в честь евангельского персонажа — без осуждения, а как дань традиции давать детям «священные» имена.