Фамилия Фарисей — редкий случай, когда в основе лежит не имя, не ремесло и не прозвище по черте характера, а название целого религиозно-общественного течения в Иудее эпохи Второго Храма. Фарисеи — одна из трёх древнееврейских «сект» или «философских школ», возникших в период расцвета династии Маккавеев во II веке до нашей эры. Само слово восходит к ивритскому корню со значением «отделяться», «обособляться», то есть буквально «отделившиеся».

История этого названия, однако, сложнее, чем кажется на первый взгляд. По одной из версий, слово «фарисеи» впервые употребила новообразованная назарейская община, впоследствии ставшая христианской. Так она назвала мудрецов-прушим после того, как те отринули от себя назареев, не приняв Иисуса Христа. С точки зрения христиан, прушим «отделились» от их учения, отсюда и смысловой оттенок «отделившиеся». Позже появилось иное объяснение, опирающееся на библейский текст о возвращении из вавилонского пленения: «И ели сыны Израилевы, возвратившиеся из переселения, и все отделившиеся к ним от нечистоты народов земли» (Езд. 6:21). Здесь «отделение» понимается как размежевание с иноплеменниками, а затем и с невеждами в вопросах закона. Католический мир в этой трактовке особо подчёркивал, что именно фарисеи создали детальные законы о ритуальной чистоте и нечистоте.

Как именно фамилия закрепилась за конкретным человеком, доподлинно неизвестно. Можно предположить, что в русской среде прозвище Фарисей давали человеку набожному, строгому в соблюдении обрядов, а возможно — тому, кто казался окружающим показно праведным или лицемерным, ведь именно такое переносное значение закрепилось за словом в евангельском контексте. Суффиксальная модель здесь нулевая, без типичных для русских фамилий окончаний -ов, -ин или -ский: фамилия совпадает с самим нарицательным словом, что указывает на её относительно позднее происхождение и, скорее всего, книжный, семинарский путь возникновения. Подобные «говорящие» фамилии нередко присваивались в духовных училищах, где будущим священникам давали нарочито библейские или символические прозвища. Впрочем, не исключён и бытовой путь: прозвище могло прилипнуть к крестьянину или горожанину за манеру поведения, и уже его дети стали писаться Фарисеями. Однозначных данных о географии распространения или известных исторических носителях фамилии нет — она остаётся редкой и по-своему загадочной, сохранившей в себе память о древнем религиозном споре, которому почти две тысячи лет.