Фамилия Фарзалыева — женская форма мужской фамилии Фарзалыев, которая образована от тюркского имени Фарзалы (вариант — Фарзали). В основе лежит арабское слово «фарз» — религиозная обязанность, предписание, обязательное для мусульманина. Имя Фарзалы можно перевести как «обязательный» или «тот, кто исполняет предписания». В тюркской ономастике такие имена давали с пожеланием, чтобы человек был благочестивым, строго соблюдал религиозные нормы.

Фамилия Фарзалыев типична для азербайджанской и дагестанской антропонимии. Суффикс -ев (а не -ов) указывает на основу, оканчивающуюся на мягкий согласный или на «л»: по правилам русской передачи тюркских фамилий, после «л» пишется -ев, а не -ов. Таким образом, Фарзалыев — это не «сын Фарзала», а «принадлежащий роду Фарзалы», что соответствует общей модели образования фамилий у народов Кавказа и Закавказья.

Стоит обратить внимание, что в некоторых записях фамилия может встречаться как Фарзалиев — с гласной «и» перед суффиксом. Это не ошибка, а вариант, возникший из-за того, что исходное имя Фарзали в устной речи осмыслялось как Фарзали́, и суффикс присоединялся уже к этой форме. Однако написание через «ы» (Фарзалыев) более точно отражает азербайджанское произношение, где в конце имени звучит именно «ы» (Фарзалы).

Географически носители фамилии сосредоточены в Азербайджане (особенно в регионах Губа, Хачмаз) и в Дагестане (Дербентский район, города Махачкала и Дербент). Встречается она и у талышей — народа на юго-востоке Азербайджана. Сословной принадлежности у фамилии нет: её носили и крестьяне, и горожане, и духовные лица — само имя было распространено в самых разных слоях общества.