Фамилия Фарзалина — довольно редкая, и её происхождение почти наверняка ведёт на Кавказ или в Закавказье. В основе лежит мужское имя Фарзали (или Фарзали-бек), распространённое у азербайджанцев и некоторых народов Дагестана. Имя это арабско-персидского происхождения: «фарз» (араб. فرض) означает «обязанность», «предписание», а «али» (араб. علي) — «возвышенный», «великий». Вместе имя можно перевести как «высокое предписание» или «обязанность (перед) Всевышним», что придаёт ему религиозный, почётный оттенок.

Фамилия образована по русской словообразовательной модели с суффиксом -ин, который в данном случае указывает на принадлежность: «Фарзалина» буквально означает «дочь (или жена) Фарзали». В русской традиции фамилии на -ин обычно получали от основ на -а/-я, поэтому женская форма здесь закрепилась как основная, хотя носителем может быть и мужчина. Такое явление — когда фамилия звучит как женская, но принадлежит мужчине — встречается в документах, особенно если фиксация фамилии произошла через женскую линию или в результате ошибки писаря.

Географически фамилия тяготеет к регионам, где было сильно влияние азербайджанского языка и тюркской антропонимики: Азербайджан, Дагестан, возможно, восточные районы Грузии. Встречается она и у русскоязычных потомков выходцев из этих мест. Однофамильцы могли быть потомками сельских старшин, торговцев или духовных лиц — имя Фарзали не было простонародным, его часто давали в семьях, подчёркивающих благочестие или уважение к религиозным нормам.

Стоит отметить, что фамилия не имеет отношения к русскому слову «фарза» или чему-то подобному — это чистый пример адаптации восточного имени через русский суффикс. Встречаются варианты написания: Фарзалин (с мужским окончанием -ин), но форма Фарзалина встречается чаще, возможно, из-за того, что в советских паспортных столах женскую форму часто оставляли без изменения для мужчин по невнимательности или по аналогии с фамилиями типа «Дарья» → «Дарьина».