Фамилия Федосеенко звучит по-украински, и это не случайность. Её выдаёт суффикс -енко, который в украинской традиции указывал на отчество: Федосеенко — буквально «сын Федосея». Так что предки человека с этой фамилией, скорее всего, жили на землях современной Украины или в южнорусских областях, куда украинская модель образования фамилий проникла рано и прочно.

В основе фамилии лежит имя Федосей — просторечная, народная форма церковного имени Феодосий. Само имя Феодосий пришло на Русь вместе с христианством из Византии и восходит к древнегреческому Theodosios, что переводится как «данный богом». В древнерусской среде полная церковная форма звучала торжественно, но в быту прижилась более простая, «облегчённая» — Федосей. Именно от неё, а не от книжного Феодосия, и пошла фамилия: народная речь всегда охотнее цеплялась за привычные, короткие варианты имён.

Мирское имя Федосей было настолько распространено, что дало жизнь целому семейству родственных фамилий. Помимо Федосеенко, сюда же относятся русские Федосеев и Федосов, белорусский вариант Федосевич, а также украинские Федосенко и Федосюк. Все они — ответвления одного корня, и их носители, по всей вероятности, имели общего предка, которого звали Федосей. При этом суффикс -енко в фамилии Федосеенко — не просто маркер происхождения, но и указание на то, что фамилия закрепилась сравнительно поздно, когда отчества уже начали превращаться в наследственные семейные прозвания.

Стоит заметить, что имя Феодосий в православной традиции почиталось особо: его носили несколько святых, в том числе Феодосий Печерский, один из основателей Киево-Печерской лавры. Это добавляет фамилии глубины: имя, лёгшее в её основу, было не случайным, а несло в себе пожелание божественного покровительства для ребёнка. Однако в бытовой, крестьянской среде об этом богословском смысле вряд ли задумывались — для людей важнее было, что Федосей звучит привычно и по-домашнему.