В основу фамилии легло мирское имя Федосей. Фамилия Федосеенко происходит от просторечной формы Федосей, которую в русском языке приняло церковное мужское имя Феодосий. Имя это образовано от древнегреческого Theodosios, что означает “данный богом”. Суффикс –ЕНКО свидетельствует об украинском происхождении фамилии. В результате, потомки человека, обладающего именем Федосей, со временем получили фамилию Федосеенко. Фамилия Федосеенко образовалась от имени Федосей, народной формы крестильного мужского имени Феодосий. Оно произошло от древнегреческого Theodosios, что в переводе на русский язык означает «данный богом».