Фамилия Федутин образована от имени Федута, народной формы крестильного имени Феодот. В древнегреческом Феодотос означало «данный богами». Уменьшительный суффикс -ин указывает на принадлежность: Федутин — буквально «сын Федуты». Это типичная патронимическая модель для русских фамилий XVI–XVII веков, когда от имени отца через суффикс -ин образовывали фамилии в северных и центральных областях России.

Разговорная форма Федута возникла в результате упрощения: греческое Феодот в бытовой речи потеряло начальный слог и звучало как Федот, а затем — Федута. Подобные варианты встречаются в старых документах: в переписных книгах Новгородской земли XVII века нередко фиксировали крестьян Федуток и Федутиных. Имя Феодот давали в честь нескольких раннехристианских святых, поэтому оно было распространено среди всех сословий, от крестьян до купцов.

Фамилия Федутин встречается реже, чем однокоренная Федотов, что объясняется локальностью формы Федута. Основные очаги бытования — Вологодская, Архангельская и Кировская области, а также Пермский край. В этих регионах до XX века сохранялось диалектное произношение с ударением на второй слог: Феду́тин. В центральных губерниях ударение сместилось на первый слог под влиянием литературной нормы.

С точки зрения социальной истории, носители фамилии Федутин в подавляющем большинстве были государственными крестьянами. В ревизских сказках XIX века по Вологодской губернии встречаются записи о Федутиных из деревень Кадниковского уезда — они занимались земледелием и лесным промыслом. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, что подтверждает её «простонародное» происхождение.