Фамилия Фелиферов — редкий случай, когда в основе лежит не имя, а прозвище, образованное от заимствованного слова с неожиданной судьбой. В её корне — греческое «филиппос» (любитель коней), которое через церковнославянский язык дало имя Филипп. Однако в народном произношении оно претерпело сильное искажение: «Филипп» превратилось в «Фелипп», а затем и в «Фелифер». Такая переделка характерна для южнорусских и украинских говоров, где звук «ф» часто заменялся на «хв» или «ф» выпадал, но здесь мы видим обратный процесс — упрощение через замену «пп» на «ф» и появление беглого «е».

Суффикс «-ов» указывает на типичную модель русских фамилий: «чей?» — Фелиферов, то есть сын или потомок человека по прозвищу Фелифер. Само прозвище Фелифер могло закрепиться за человеком, которого в быту называли не полным церковным именем, а его просторечной формой — так же, как из Иоанна делали Иван, а из Филиппа — Фелип, Фелюта или Фелифер. В документах XVII–XVIII веков встречаются варианты Фелиппов, Фелипов, Фелиферов — все они восходят к одному источнику, но Фелиферов закрепился как отдельная ветвь, возможно, в среде крестьян или однодворцев южных губерний.

С точки зрения географии, фамилия Фелиферов редкая и встречается преимущественно в центральных и южных областях России — Курской, Воронежской, Ростовской. Это косвенно подтверждает её народное, недворянское происхождение: в среде духовенства или купечества форма имени оставалась ближе к книжной (Филиппов), а в крестьянской среде искажения были обычным делом. Таким образом, предки носителей фамилии — скорее всего, простые люди, которых в обиходе звали Фелифером, и это прозвище со временем стало родовым именем.

Ономастические словари (например, работы Б. Унбегауна) относят подобные фамилии к группе «полуимен» — усечённых или переиначенных канонических имён. Споров о происхождении здесь немного: версия с греческим «филиппос» и народной переделкой — основная и единственная правдоподобная. Альтернативные гипотезы (связь с латинским «felix» — счастливый) не выдерживают критики, так как не объясняют ни суффикса, ни типичной для русской ономастики модели.