Фамилия Филифёров — редкий пример того, как церковное имя обрастало неожиданными звуковыми наслоениями. В её основе лежит каноническое мужское имя Филипп, что в переводе с греческого означает «любитель коней». Однако до формы Филифёров язык прошёл несколько ступеней. Сначала имя Филипп в просторечии превратилось в Филип, а затем, из-за аканья и привычки упрощать стечения согласных, перешло в Фили́фа — так в народе называли человека с этим именем. От этой обиходной формы и образовали фамилию при помощи стандартного русского суффикса -ов, указывающего на принадлежность: «сын Филифы».

Ключевая особенность — суффикс -ёр- в середине фамилии. Он не является фамильным окончанием, а возник из-за перестановки звуков в корне. В диалектном произношении «Филифа» могло звучать как «Филифёр», особенно под влиянием других имён на -ёр (например, Панфёр от Панфил). Так прозвище Филифёр (или Филифёра) закрепилось за человеком, а его дети уже стали Филифёровыми. Подобные метаморфозы — не редкость в русской ономастике: народная этимология постоянно перекраивала книжные имена на свой лад.

Вероятнее всего, предок носителя этой фамилии был крестьянином или посадским человеком. Фамилии на -ов в центральной России и Поволжье в XVIII–XIX веках получали в основном непривилегированные сословия. Духовенство и дворянство чаще оформляли фамилии на -ский, поэтому Филифёров — однозначно фамилия крестьянского или мещанского корня. Географически она тяготеет к северным и вологодским говорам, где аканье и перестановки согласных особенно сильны.

Родственные фамилии — Филиппов, Филипьев, Филипович — образованы от полной формы имени. Филифёров стоит особняком: он показывает, как имя живёт не в святцах, а в живой речи. Встречаются варианты написания с одной «ф» (Филиферов) или с «а» в первом слоге (Фалефёров), но это уже следы местного произношения. Точных сведений о дворянских родах с такой фамилией нет, что подтверждает её простонародное происхождение.