Фамилия Филифоров — редкий случай, когда основа не лежит на поверхности. На слух она кажется греческой или румынской, но на деле это чисто русская фамилия, образованная от канонического имени Филипп через его просторечную форму.

В основе лежит имя Филипп (от греч. «любящий коней»). В народной речи имя часто упрощалось: Филипп превращался в Филип, а затем и в Филифор. Почему появилось «фор» вместо «пп»? Скорее всего, под влиянием диалектного произношения или случайной перестановки звуков (метатезы). В русских говорах нередко «р» вставляли для удобства выговора, ср. филипп → филифор. Суффикс -ов указывает на типичную модель русской фамилии: «чей?» — Филифоров, то есть сын Филифора.

Вторая версия, менее вероятная, — связь с греческим словом «филифорос» (несущий листья или победитель). Но в русской ономастике нет следов прямого заимствования таких прозвищ. Фамилия с грекоязычным корнем обычно заканчивалась бы на -иди или -пуло, а не на -ов. Поэтому версия с народным переоформлением имени Филипп — основная.

Географически фамилия тяготеет к югу России и Поволжью — регионам, где имена перекраивались особенно активно. Встречается она редко, что говорит о локальном бытовании. Предки носителя фамилии могли быть крестьянами или мещанами, получившими фамилию по отцу, которого в быту звали Филифором — неофициальной формой крестильного имени.

По написанию фамилия устойчива: варианты Филифоров и реже Филифоров (с одним «ф») — результат орфографической путаницы. В дореволюционных документах встречается написание через «ѳ» (Филиѳоров), что подтверждает греческое происхождение имени-основы.