Фамилия Феногенов — редкий случай, когда церковное имя перешло в фамилию почти без искажений, но с ударением, которое выдает её книжное, а не народное происхождение. В основе лежит каноническое мужское имя Феноген, вариант древнегреческого Феоген («рождённый богом»). В русской традиции «фе-» на письме часто заменялось на «ф-» (как в Фёдор вместо Феодор), а «е» после «ф» осталось под ударением, что и закрепилось в фамилии.

Фамилия образована по стандартной модели: имя Феноген + патронимический суффикс -ов. Это значит, что первый носитель — сын человека по имени Феноген. В отличие от более частых Феогеновых или Феофановых, форма Феногенов встречается редко, что говорит о локальном бытовании. Скорее всего, фамилия закрепилась в среде духовенства или посадских людей, где церковные имена давали чаще, чем в крестьянской среде, предпочитавшей народные варианты.

Интересно, что имя Феноген в святцах не было распространённым. В русских говорах его могли путать с Феогностом или Феодотом, но в документах оно фиксируется именно в форме Феноген. Встречается в писцовых книгах XVII века, например, в Вятском крае и на Русском Севере. Это позволяет предположить, что предки Феногеновых могли быть выходцами из северных или центральных губерний, где приходские священники записывали имена по церковной книге, а не на слух.

С точки зрения словообразования, фамилия Феногенов стоит в одном ряду с такими редкими образованиями, как Феоктистов или Феодосьев, но отличается тем, что в ней нет чередования или усечения корня. Она сохранила исходную форму имени полностью, что нехарактерно для массовых фамилий, которые часто упрощались в быту. Поэтому Феногенов — скорее «буквенная» фамилия, возникшая в среде грамотных людей, а не в крестьянской устной традиции.

Поскольку фамилия редкая, её носители вряд ли принадлежали к многочисленному дворянству или купечеству. Скорее всего, это потомки священников, дьячков или мещан, которые получили фамилию по имени отца, записанному в метрической книге. В современной России фамилия встречается единично, что делает её своеобразным маркером: если вы Феногенов, ваши предки почти наверняка были связаны с церковной средой или жили в удалённой местности, где имя Феноген сохранялось дольше, чем в центральных регионах.