Фамилия Финогенов происходит от крестильного имени Афиноген, которое в переводе с греческого означает «потомок богини Афины». Однако напрямую от полной церковной формы фамилию не образовали: в основу легла его просторечная, народная версия — Финоген. Такой путь — от книжного, канонического имени к обиходному, усечённому, а затем к фамилии — типичен для русской ономастики.

Имя Афиноген носил раннехристианский святой, пострадавший за веру в начале IV века. На Руси оно попало в святцы и использовалось в среде духовенства и образованных слоёв, но в повседневной речи быстро редуцировалось. Начальный гласный «А» отпал, а сочетание звуков упростилось: так Афиноген превратился в Финогена. Подобное «обмирщение» церковных имён происходило повсеместно: вспомним Авксентий — Оксен, Евстафий — Остап, а здесь — Афиноген — Финоген.

Модель образования типична для русских фамилий второй половины XIX века. Суффикс -ов присоединяли к основе, оканчивающейся на твёрдый согласный, и он указывал на принадлежность: Финогенов — сын Финогена, потомок человека с таким именем. Первоначально это было отчество, которое со временем закрепилось как наследственное родовое прозвание.

В документах фамилия встречается в разных вариантах написания: Финогенов, Финоченов, Финогонов. Последняя форма отражает диалектное произношение с «о» во втором слоге. Такие колебания типичны для фамилий, записанных со слов носителей писарями, которые не всегда следовали единому стандарту. Любопытно, что в некоторых говорах имя произносили как Финохен, отсюда редкая ветвь Финохеновых.

Сословной принадлежности у Финогеновых не было: фамилию носили и крестьяне, и мещане, и купцы. В переписных книгах XVII–XVIII веков её фиксируют в разных уездах центральной России, что говорит о широком бытовании имени в народной среде. Поскольку имя Финоген не относилось к самым частым, фамилия осталась сравнительно редкой, но устойчивой — она не исчезла и сохранила свою узнаваемую форму.

Отдельного упоминания заслуживает связь с греческой мифологией. Имя Афиноген буквально означает «рождённый от Афины», что звучит необычно для христианской традиции. Однако в Византии такие имена-композиты с именами языческих богов не были редкостью: церковь допускала их как дань античной образованности. Так что за привычной русской фамилией скрывается не только святой, но и отголосок древнегреческой культуры, пришедший на Русь через византийское христианство.