Фамилия Филимоненко — типично украинская по форме и означает «сын Филимона». Так нарекли потомка человека, который при крещении получил имя Филимон. В основе лежит древнегреческое имя Филемон, которое переводится как «любимый», «милый». В христианский обиход оно вошло благодаря апостолу Филимону, одному из семидесяти учеников Христа, которому адресовано одно из посланий Нового Завета.

Разбираем словообразовательную модель. Суффикс -енко в украинской ономастике — один из самых продуктивных патронимических показателей. Он присоединялся к основе имени отца и указывал на прямого наследника: Филимоненко буквально понималось как «сын Филимона». Такая модель сложилась в Поднепровье и на Левобережной Украине в XVI–XVII веках, а позже распространилась на Слобожанщину и Кубань. Поэтому географически фамилия чаще всего встречается в восточных областях Украины и в южных регионах России, куда переселялись украинские казаки и крестьяне.

Имя Филимон на Руси никогда не было частым, но и редким его не назовешь. В народной среде его нередко переделывали в Филя, отсюда пошли родственные фамилии Филин, Филькин, Филимонов. Однако Филимоненко стоит особняком: если Филимонов — это русский патроним на -ов, то Филимоненко — украинский, и он прямо говорит о происхождении предка. В документах XVII–XVIII веков встречаются казацкие реестры, где фигурируют носители этой фамилии среди войска Запорожского, что подтверждает ее давнюю историю в военно-земледельческой среде.

Стоит заметить, что написание фамилии устойчиво: с буквой «е» в суффиксе. Встречающийся изредка вариант Филимонёнко с ё — результат поздней русификации, а вот форма Филимоненко сохранила исходное украинское звучание. Если ваш предок носил эту фамилию, он, скорее всего, был выходцем из украинских земель, а его отец или дед носил имя Филимон — человека, которого в семье, вероятно, любили и ценили, раз имя закрепилось в фамильном прозвании на века.