Фамилия Филимонинко — редкий случай, когда написание почти полностью скрывает происхождение. С первого взгляда кажется, что перед нами украинская фамилия на -енко, но буква «и» в середине ломает привычную картину. На самом деле это результат фонетических процессов: исходная форма — Филимоненко, где суффикс -енко (уменьшительно-патронимический, «сын Филимона») под влиянием аканья или местных говоров превратился в -иненко, а затем упростился до -ининко. В письменной фиксации XIX–XX веков такое встречается нередко: писарь записывал фамилию на слух, и безударный гласный «е» переходил в «и».

Основа фамилии — каноническое мужское имя Филимон (от греческого Φιλήμων, «любящий, приветливый»). Это имя носил один из апостолов от семидесяти, что сделало его популярным в православной среде. Филимоненко, а значит и Филимонинко, — типичная фамилия крестьянского и мещанского сословия южнорусских и украинских губерний, где патронимическая модель на -енко была доминирующей. В отличие от великорусских фамилий на -ов/-ев, она указывала не на принадлежность отцу, а на происхождение от конкретного предка по мужской линии.

Интересная деталь: в документах переписи населения Российской империи фамилия Филимонинко встречается почти исключительно в Курской и Воронежской губерниях, а также на Слобожанщине (современные Харьковская и Сумская области). Это зона перехода украинских говоров в южнорусские, где смешивались обе модели образования фамилий. Если бы фамилия была записана в чисто украинской среде, она осталась бы Филимоненко; если бы в великорусской — стала бы Филимонов. А Филимонинко — живое свидетельство языкового пограничья.

С точки зрения словообразования, суффикс -инко здесь вторичен и не имеет того же значения, что в фамилиях типа Хохлинко или Васькинко (где -ин- — притяжательный суффикс). По сути, это искажённое -енко, закрепившееся в письменной традиции. Носители фамилии, скорее всего, потомки крестьян или однодворцев, которые не имели права на сложные дворянские фамилии, но зато сохранили в своём родовом имени память о предке Филимоне — человеке, которого в деревне, вероятно, уважали за приветливый нрав, раз уж имя было выбрано не случайно.