Фамилия Филимоничев — наглядный пример того, как крестильное имя обрастало суффиксами, превращаясь в фамилию. В её основе лежит имя Филимон (от греч. φιλήμων — «любящий, милостивый»), которое в народной речи часто произносили как Филимон, с ударением на второй слог. От него образовали уменьшительную форму Филимоня, а уже от неё — притяжательное прилагательное с суффиксом -ич-: «чей?» — Филимоничев, то есть «сын Филимони». Такая модель с суффиксом -ичев (-ичев) встречается реже, чем стандартное -ов/-ев, и характерна для фамилий, которые закрепились в письменных источниках довольно поздно — в XVII–XVIII веках, когда окончание -ич стало оформлять не только отчества, но и наследственные прозвания.

Интересно, что ударение в фамилии плавающее: в одних говорах говорят Филимо́ничев (от имени Филимон с ударением на второй слог), в других — Филимони́чев (от формы Филимоня́). Оба варианта встречаются в документах, но первый считается более книжным, а второй — простонародным. Географически фамилия тяготеет к северным и центральным областям России: Архангельской, Вологодской, Костромской, а также к Поволжью. В этих регионах имя Филимон было особенно популярно в крестьянской среде, и фамилии на -ичев нередко вытесняли более архаичные формы на -ов.

Сословная принадлежность носителей фамилии — почти исключительно крестьяне и мещане. В списках однодворцев XVIII века Филимоничевы не встречаются, что косвенно подтверждает: фамилия не успела закрепиться за служилым сословием. Редкий суффикс -ичев (в отличие от массового -ов) делал фамилию более узнаваемой в пределах одной волости — на селе Филимоничевых часто выделяли как потомков конкретного человека по прозвищу Филимоня, а не просто «Филимоновых», которых в каждой деревне было по нескольку семей.

Сегодня фамилия остаётся малочисленной. По данным современных телефонных справочников, основные очаги — Кировская и Нижегородская области. Встречаются также написания Филимоничев и Филимонычев, но первый вариант — нормативный, зафиксированный в словаре русских фамилий.