Фамилия Филипишина образована от женской формы Филипишин, которая, в свою очередь, восходит к мужскому имени Филипп. Это простое и прозрачное объяснение: в основе лежит каноническое греческое имя Филипп (Φίλιππος, «любящий коней»), которое пришло на Русь вместе с христианством. В народном произношении оно часто видоизменялось: двойное «п» упрощалось, а ударение смещалось, что породило множество производных форм — Филип, Филипка, Филипок, а также более редкие варианты вроде Филипиш.

Словообразовательная модель здесь нестандартная. Обычно русские фамилии от имени Филипп образуются с помощью суффиксов -ов, -ев или -ин (Филиппов, Филипьев, Филиппин). Филипишин — это вариант с суффиксом -ишин, который встречается реже. Такая модель характерна для западнорусских и украинских земель, где суффикс -ишин мог указывать на принадлежность к роду: «чей сын?» — Филипишин, то есть сын Филипиша (где Филипиш — просторечная форма имени Филипп). Соответственно, Филипишина — это «жена или дочь Филипишина».

Географически фамилия редкая. В дореволюционных переписях она почти не встречается, что говорит о её локальном бытовании. Основные очаги — юго-западные регионы России, а также Беларусь и Украина, где мягкое окончание -ишин типично для фамилий на -ич. В центральной России носителей почти нет, что подтверждает её западнорусское происхождение.

Стоит отметить, что фамилия Филипишина могла возникнуть и как вариант написания фамилии Филиппишина (с двойным «п»), но в устной речи двойное «п» в русском языке не различается, поэтому на письме оно часто терялось. Если бы фамилия была образована от полного церковного имени Филипп, она, скорее всего, выглядела бы как Филиппов или Филипьев. Вариант с суффиксом -ишин — это свидетельство народной, бытовой речи, где имя сокращалось до ласкательной формы. Таким образом, Филипишина — пример того, как церковное имя, пройдя через фильтр живой речи, закрепилось в редкой словообразовательной форме, характерной для определённой территории.