Фамилия Филиппишина — редкий случай, когда в основе лежит не просто имя, а его уменьшительная форма с двойным усилением. Если отбросить окончание -а, указывающее на женский вариант (в мужском роде — Филиппишин), мы видим суффикс -ин. Он в русских фамилиях означает принадлежность: «чей?» — сын Филиппиши. А вот само прозвище Филиппиша — это уже вторая ступень уменьшения от канонического крестильного имени Филипп.

Обычно от имени Филипп в России образовывали фамилии через суффиксы -ов (Филиппов) или -ин (Филиппин). Но здесь мы видим суффикс -иш-, который в русских говорах придавал слову уничижительный или, реже, ласкательный оттенок (ср. «домишко», «парниша»). Филиппиша — это, скорее всего, не официальное имя, а бытовое прозвище человека по имени Филипп, возможно, невысокого роста, молодого или с какой-то характерной чертой, которую окружающие выделили такой формой.

Географически фамилия Филиппишина тяготеет к северным и центральным регионам России, а также к Поволжью. Встречаемость её крайне мала, что говорит о локальном происхождении — фамилия могла закрепиться в одном-двух селениях и не распространиться широко. В отличие от массовых Филипповых, носители Филиппишина — потомки, вероятно, одного конкретного рода, где прозвище Филиппиша было дано основателю.

Словообразовательный «сдвоенный» суффикс (-иш- + -ин) — главная особенность. Он показывает, что фамилия возникла не в книжной, а в живой разговорной среде, где имя могли переиначить на свой лад. Никакого отношения к итальянской фамилии Филиппи (от Filippi) она не имеет — это чисто русская модель, просто с необычным для фамилий наращением.