Фамилия Филиппий — редкий пример прямой, почти нетронутой передачи полного канонического имени в фамилию, без типичных русских суффиксов -ов, -ин или -ский. Если бы предка звали просто Филипп, потомки с большой вероятностью стали бы Филипповыми. Но здесь основа — не Филипп, а Филиппий.

Словообразовательная модель прозрачна: в основе лежит мужское крестильное имя Филиппий. В православных святцах это имя встречается, хотя и реже, чем Филипп. По происхождению оно греческое, от «филиппос» — «любящий коней». Фамилия образована путём простой субстантивации: имя перешло в фамилию без дополнительных формантов, что характерно для украинской, белорусской и южнорусской традиции, особенно в среде духовенства или казачества. В документах XVIII–XIX веков нередко встречаются записи вроде «Иван Филиппий» — сначала это было отчество или прозвище, а затем закрепилось как наследственное имя рода.

Географически фамилия Филиппий тяготеет к западным и южным регионам бывшей Российской империи. Встречается на Украине, в Беларуси, а также в Молдавии и Румынии. В России она редка, чаще фиксируется в Краснодарском крае и Ростовской области — зонах активного переселения малороссов. Вариант написания с двойным «и» (Филиппий) может указывать на латинизированную или польскую форму: в польской традиции имя Filip передавалось как Filipi, а суффикс -ий мог появиться под влиянием церковнославянского.

В отличие от фамилий на -ский, которые часто давали по названию села или церковного прихода, Филиппий — прямая антропонимическая линия. Предок, носивший это имя, скорее всего, не был крестьянином с типичным прозвищем: в среде простого люда имя Филипп чаще сокращали до Фили или Филя. Сохранение полной формы — признак книжной, грамотной среды. Возможно, родоначальник был священником, дьячком или писарем, где имя записывали в полной канонической версии.

Спорных версий немного. Иногда фамилию ошибочно связывают с итальянским Filippi, но для русской ономастики это маловероятно: ударение в русском варианте падает на второй слог (Фили́ппий), а итальянские фамилии в массе своей появились в России лишь в XIX–XX веках. Правдоподобнее всего считать Филиппий реликтом старой церковной или канцелярской записи, застывшей в родовом имени.