Фамилия Филипишена — один из тех случаев, когда женская форма окончательно закрепилась в качестве родового именования. Перед нами не вариант «Филипишен» с типичным мужским окончанием, а именно форма на -а, которая могла возникнуть двумя путями: либо как матроним (по матери), либо как «жена Филипишена» в среде, где фамилии ещё не устоялись и передавались через женщину. Впрочем, в русской традиции фамилии на -ин, -ена, -ина чаще всего означают принадлежность: «чей?» — «Филипишин» или «Филипишена». В данном случае основа — редкое каноническое имя Филипп, но не напрямую, а через уменьшительно-ласкательную форму Филипиш.

Суффикс -иш- в русских именах (Филипиш, Демидиш, Антипиш) — характерный признак западнорусских или украинско-белорусских говоров. Там -иш- выполнял ту же роль, что литературное -к-: Филипп → Филипка, но в диалектах — Филипиш. Соответственно, Филипишена — это «дочь или жена Филипиша», то есть человека, которого в быту звали уменьшительным Филипиш. Само имя Филипп (греч. «любящий коней») было распространено среди духовенства и крестьян, но форма Филипиш встречается нечасто, что делает фамилию довольно редкой.

Географически фамилия тяготеет к юго-западным областям бывшей Российской империи — современные Брянская, Смоленская области, а также восток Беларуси. Там фамилии на -их, -ых, -иш часто фиксировались в переписях именно в женском роде, если глава семьи умирал или уходил в рекруты, и хозяйство числилось за вдовой. Возможно, первый носитель фамилии Филипишена — вдова, за которой в ревизской сказке записали «Филипишина жена» или «Филипишена дочь», и это прозвище перешло детям.

С точки зрения словообразования, фамилия не имеет дворянского суффикса -ский, не связана с географическим названием и не указывает на профессию. Это чисто патронимическая (или матронимическая) модель, типичная для простонародья. В современной России фамилия встречается единично, что подтверждает её локальное происхождение. Если ваши предки носили Филипишена, скорее всего, они были крестьянами или мещанами из западных губерний, а их родовое имя — прямое свидетельство того, что в семье помнили по имени не только отца, но и мать, чьё прозвище стало фамилией для потомков.