Фамилия Филипоненко напрямую связана с прозвищем Филипон, но история этого прозвища уводит нас не в бытовую плоскость, а в драматичные события русской церковной истории начала XVIII века. Филипонами (или филиповцами) называли членов старообрядческого согласия в беспоповщине, которое возникло среди черносошных крестьян. Во главе этого движения стоял инок Филипп — в миру беглый стрелец Фотий Васильев. Само прозвище, а затем и фамилия, закрепилось за последователями именно этого толка, а не за всеми старообрядцами вообще.

Вероучение филипповцев отличалось от других подобных объединений более строгими обрядами. Подвергаясь преследованиям со стороны государства и официальной церкви, члены согласия часто прибегали к самосожжению как крайнему средству защиты своей веры, а в отношениях с другими толками старообрядчества были фанатически нетерпимы. Однако со временем, с развитием социального неравенства в их среде, филипповцы стали отказываться от самосожжений и безбрачия. К концу XVIII века они уже платили государственные налоги, которых раньше не признавали.

Словообразовательная модель здесь проста и прозрачна: к основе Филипон- добавлен типичный украинский или южнорусский патронимический суффикс -енко, который означает «сын» или «потомок». То есть Филипоненко — буквально «сын Филипона». Важно не путать основу с каноническим именем Филипп: Филипон — это не форма имени, а именно прозвище, указывающее на принадлежность к конкретной религиозной группе.

Исходя из этого, можно предположить, что основатель рода Филипоненко либо сам был членом согласия филипповцев, либо просто придерживался их взглядов на определенные вопросы и пропагандировал их идеи среди окружающих. Прозвище Филипон, изначально присоединенное к наследственному имени, со временем полностью заменило его как в повседневной жизни, так и в официальных документах. Так религиозная идентичность предка закрепилась в родовом имени и дошла до наших дней.

Стоит отметить, что фамилия с суффиксом -енко чаще встречается на территории современной Украины и в южных регионах России, что косвенно указывает на географию расселения филипповцев или на миграцию их потомков. В отличие от распространенных фамилий от имени Филипп (Филиппов, Филиппенко), вариант Филипоненко встречается заметно реже, что делает его ценным маркером для генеалогического поиска: если ваши предки носили эту фамилию, есть смысл искать их следы среди старообрядческих общин, особенно в тех регионах, где филипповское согласие имело устойчивые позиции.