Фамилия Филиппонская — редкий случай, когда географическая привязка почти наверняка перевешивает все остальные версии. В основе лежит имя Филипп (от греческого «любящий коней»), но фамилия образована не по стандартной русской модели «Филиппов» или «Филиппович». Суффикс -ск- указывает на происхождение от названия места, а окончание -ая — на женский род, что типично для фамилий, закрепившихся в форме прилагательного.

Скорее всего, перед нами фамилия польского или украинского происхождения. В Польше и на западе Украины распространены фамилии на -ский/-ская, которые давались по названию имения, села или усадьбы. Например, Филиппонская могла означать «та, что из Филиппона» или «из Филиппок». Двойное -нн- в корне не опечатка и не случайность: это могла быть особенность местного говора (Филиппон вместо Филипп) либо указание на конкретный топоним вроде Филиппоны или Филиппонка. Такие названия встречаются в исторических землях Подляшья и Волыни.

Есть и более прозаичная, но правдоподобная версия: фамилию могли искусственно создать в духовных училищах или семинариях. В XIX веке будущим священникам нередко давали «благозвучные» фамилии по именам святых, но с латинизированным или полонизированным суффиксом. Филиппонская могла появиться как вариант от Филипп, чтобы отличить семинариста от крестьян с фамилией Филиппов. Двойное -нн- в таком случае — следствие книжного, а не народного происхождения.

Сословно носительницы этой фамилии чаще всего были из мещан или духовенства, реже — из обедневшей шляхты. Крестьянские фамилии на -ский в центральной России почти не встречались, а в западных губерниях — да. Если искать корни, стоит обратить внимание на Гродненскую, Волынскую или Подольскую губернии, а также на территории современной восточной Польши.

В русском языке фамилия склоняется как прилагательное: Филиппонская, Филиппонской, о Филиппонской. Мужского варианта «Филиппонский» в источниках почти не зафиксировано — фамилия устойчиво бытует именно в женской форме, что тоже редкость.