Скорее всего, Филлипенко является графическим вариантом фамилии Филиппенко. Она образована от крестильного мужского имени Филипп, что в переводе с древнегреческого на русский язык означает «любитель лошадей». Возможно, основатель рода Филлипенко был человеком из привилегированного сословия.