Фамилия Филлипенко, которую вы ищете, почти наверняка — не самостоятельное образование, а графический вариант более распространённой фамилии Филиппенко. Двойная «л» в корне — результат позднейшей путаницы или сознательного «украшения» написания: в церковных метриках и канцелярских книгах XIX века писцы нередко удваивали согласные, следуя моде на «благозвучные» формы или просто по невнимательности. Поэтому, когда будете искать предков, смело заглядывайте в документы, где записаны Филиппенко, — это одна и та же семья.

Основа фамилии — крестильное имя Филипп, которое пришло на Русь вместе с христианством из Византии. В переводе с древнегреческого оно означает «любитель лошадей» (от слов «филео» — любить и «хиппос» — конь). Вряд ли предок-основатель действительно имел отношение к конюшням: имя давали при крещении в честь святого апостола Филиппа, а его смысл для наших предков был скорее сакральным, чем бытовым.

Модель образования проста и типична для южнорусских и украинских земель. Суффикс -енко в фамилиях указывал на отчество: Филиппенко — буквально «сын Филиппа». Такая форма сложилась в XVI–XVII веках на территории современной Украины, а затем распространилась на юг России, в казачьи области и на Дон. Если ваш род происходит из этих мест, фамилия могла закрепиться за предком, чей отец носил имя Филипп, и передаваться дальше уже без изменений.

Отдельного внимания заслуживает предположение о привилегированном сословии основателя рода. Оно имеет право на существование, но лишь отчасти. В казачьей среде, где фамилии на -енко были массовыми, такое окончание не свидетельствовало о знатности. Однако в центральных губерниях России, где преобладали фамилии на -ов/-ев, появление формы на -енко могло указывать на выходца из малороссийской шляхты или казацкой старшины, переселившегося на север. Точно сказать, кем был ваш предок, можно только по архивным документам: ревизским сказкам, исповедным ведомостям или метрическим книгам той местности, откуда родом семья.

Сравните с однокоренными фамилиями: Филиппов, Филипович, Филипчук, Филипьев. Все они восходят к одному имени, но различаются по территории и времени возникновения. Филиппенко — самая «младшая» по форме, она указывает на относительно позднюю фиксацию, когда отчество уже превратилось в наследственное прозвание. Двойная «л» в вашем варианте — лишь орфографическая случайность, не меняющая ни смысла, ни происхождения.