Фамилия восходит к церковному мужскому имени Филипп, которое в переводе с древнегреческого означает 'любитель лошадей'. Основой фамилии Филиппенко послужило церковное имя Филипп. Имя Филипп в переводе с древнегреческого означает «любитель лошадей». Поэтому Филиппенко буквально понималось как «сын Филиппа».