Фамилия Фильнова — женская форма от Фильнов, а та, в свою очередь, образована от прозвища или нецерковного имени Фильн. Основа здесь — корень «фил-», который в русских говорах имел несколько значений, и это делает фамилию интересной для разбора.

Самое прямое объяснение лежит на поверхности: «филя», «филька» — уничижительное, пренебрежительное именование простака, разини или недалёкого человека. В словаре Даля «филя» — это простофиля, ротозей. Если предок получил такое прозвище, то фамилия Фильнов (а значит, и Фильнова) — это «сын Фильна», то есть потомок человека, которого в округе считали наивным или нерасторопным. Однако не стоит торопиться с выводом: прозвища часто давались «от противного» или закреплялись за человеком по другой причине.

Вторая, не менее вероятная версия, связана с диалектным словом «филя» в значении «вор». В некоторых северных и сибирских говорах филей называли мелкого воришку, промышлявшего кражами. В этом случае фамилия Фильнова — потомок вора, но опять же с оговоркой: прозвище могло закрепиться за человеком, который однажды попался, или за тем, кто ловил воров.

Наконец, стоит вспомнить о суффиксе «-н-». В русской антропонимии он редок и указывает на краткую форму от имени или прозвища. Фильн — это усечённый вариант от Филя, Филька. Сравните: Гриша — Гришин, но Филя — Фильн. Такая модель встречается нечасто, и это делает фамилию Фильнова более редкой по словообразованию, чем, скажем, Филькин или Фильев. Географически фамилия встречается разрозненно, без ярко выраженного гнезда, что говорит о её прозвищном, а не «служилом» происхождении — предки Фильновых, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми.