Фамилия Фильнов — одна из тех, где суффикс многое говорит о происхождении. Она образована с помощью патронимического суффикса -ов, который в русской ономастике указывает на принадлежность: «чей?» — Фильнов, то есть сын или потомок человека по имени или прозвищу Фильн. Основа здесь — Фильн-, а не Филь, что сразу выделяет эту фамилию среди более распространённых Филькин, Фильков или Фильев.

Корень восходит к краткой форме канонического имени Филарет (от греческого «любящий добродетель»). В просторечии имя Филарет сокращалось до Фили, Фильки, а далее — до Фильна. Форма Фильн встречается реже, чем Филя, но именно она стала основой для фамилии. Такая модель словообразования (основа на согласный + -ов) типична для прозвищ или имён, которые в быту звучали как Фильн, а не Филя. Сравните: Дёма — Дёмов, но Дёмин — от Дёма; здесь же Фильн — Фильнов, а не Фильнев (что было бы от Фильня).

Есть и другая, менее вероятная версия: основа могла произойти от прозвища Фильн — человека, который «фильничал», то есть хитрил, изворачивался (от диалектного глагола «фильничать»). Однако для фамилии такое прямое прозвищное значение нетипично: суффикс -ов чаще присоединялся к именам, а не к глагольным основам. Поэтому основная гипотеза — именно от имени Филарет через форму Фильн.

Географически фамилия Фильнов встречается в центральных и северных областях России, особенно в Вологодской и Архангельской губерниях, где имя Филарет было популярно в крестьянской среде. Встречаются варианты написания с одной «н» (Фильнов) — это норма для русских фамилий, где двойная согласная в корне (Фильннов) не закрепилась.

Таким образом, предок носителя фамилии Фильнов — скорее всего, человек по имени Фильн (домашняя форма Филарета), живший не позднее XVII века. Фамилия не относится к дворянским или купеческим — она типично крестьянская, образованная в эпоху, когда фамилии начали массово закрепляться за простыми людьми после отмены местничества и в ходе подушных переписей.