Фамилия Филько восходит к церковному мужскому имени Филипп, которое в переводе с древнегреческого означает «любитель лошадей». Это имя имеет ряд производных разговорных форм, одна из которых — Филя — и легла в основу данной фамилии. Поэтому Филько буквально понималось как «сын Фили».