Фамилия Фильевы — редкий случай, когда в основе лежит не прозвище, а церковное имя, причём имя настолько нечастотное, что его носители почти наверняка были связаны с церковной средой или книжной культурой. Речь об имени Филий, которое в греческом оригинале звучит как «филиос» и переводится как «дружелюбный», «любящий». Это не уменьшительная форма от Филиппа, как можно было бы предположить, а самостоятельное крестильное имя, которое давали в честь священномученика Филия, епископа, чья память отмечается 28 (15) сентября.

Фамилия образована по классической русской модели: к основе Филь- добавили суффикс -ев, указывающий на принадлежность роду человека по имени Филий. То есть Фильевы — это буквально «дети Филия», «Фильево потомство». Суффикс -ев, а не -ов, здесь не случаен: он присоединялся к основам, оканчивающимся на мягкий согласный или на й, что как раз и происходит в имени Филий, где конечный звук смягчается.

Судя по тому, что имя Филий в народной среде почти не бытовало и встречалось преимущественно в святцах, предок Фильевых, скорее всего, принадлежал к духовенству или к тем слоям, где имена давали строго по церковному календарю, не упрощая их до привычных Филька или Филимон. Впрочем, не исключено и обратное: в некоторых говорах имя Филий могли переосмыслить на свой лад, сблизив с глаголом «филить» — хитрить, лукавить, но эта версия выглядит натянутой, поскольку письменные источники фиксируют фамилию именно в книжной, церковной традиции.

Точное место возникновения фамилии назвать трудно: процесс закрепления фамилий у разных сословий растянулся на столетия, и у духовенства он шёл своим путём, нередко через латинские и греческие формы имён. Однако сам факт, что фамилия сохранила редкое имя в почти нетронутом виде, говорит о том, что её носители бережно относились к родовой памяти. Сегодня Фильевы встречаются нечасто, и каждая такая семья — это, по сути, живое свидетельство того, как древнее греческое слово «дружелюбие» перешло в русскую фамилию и закрепилось в ней на века.