Фамилия Фильнева — женская форма от Фильнев, и её основа не так прозрачна, как кажется на первый взгляд. В ней скрыт редкий суффикс -нев, который встречается в русских фамилиях гораздо реже, чем привычные -ов или -ин. Этот суффикс указывает на происхождение от прозвища или имени, оканчивающегося на -ня: Фильня, Фильняк или, что вероятнее, Фильна.

Корень «Филь-» восходит к каноническому имени Филипп (от греческого «любящий коней»), которое в народной речи давало множество сокращённых форм: Филя, Филька, Фильша, Филюта. Форма Фильна — более редкая, но вполне объяснимая: в некоторых говорах имя Филя могли переделать по образцу таких имён, как Ваня — Ванина, Петя — Петина. Соответственно, Фильна — это «малый Филя», а Фильнев — его потомок.

Вероятнее всего, предок носителя фамилии был человеком по прозвищу Фильна — возможно, ласково-пренебрежительное обращение к Филиппу, закрепившееся как семейное имя. Суффикс -ев (а не -ов) указывает на то, что основа оканчивалась на мягкий согласный или на -а/-я. Географически фамилия Фильнев (и Фильнева) тяготеет к центральным и северным областям России — Вологодской, Архангельской, Костромской, где была сильна традиция бытовых сокращений имён.

Ошибочно путать Фильнева с Филькиным или Фильченковым: -нев — это редкая модель, которая сохранила следы диалектного словообразования. Встречается также вариант Фильнёв (с ударением на ё), что может указывать на более позднее стяжение или иную говоровую манеру произношения.

Сословной привязки у фамилии нет: Фильневы могли быть и крестьянами, и мещанами, и духовными лицами. В метрических книгах XIX века эта фамилия встречается, но редко — что делает её ценной для генеалогов, так как она не «размножилась» по всей стране, а осталась локальной.