Фамилия Филолнова — редкая, и её разбор требует внимания к суффиксу и возможной основе. Скорее всего, перед нами женская форма фамилии Филолнов, которая образована по модели на -ов от прозвища или мирского имени Филолн. Такая основа не имеет прямых аналогов в обиходной лексике, поэтому стоит обратиться к иноязычным корням.

Наиболее вероятная версия — связь с греческим именем Филолог (Φιλόλογος), что означает «любитель слова» или «любящий речь». В русской традиции это имя могло упроститься до Филол, а затем получить типичный фамильный суффикс -ов. Таким образом, Филолнов — потомок человека, которого в миру или в церковной среде звали Филологом. Не исключено, что прозвище дали грамотею, книжнику или начитанному человеку, что в крестьянской среде было редкостью и выделяло носителя.

Словообразовательная модель проста: суффикс -ов указывает на принадлежность («чей?»), а основа Филолн- — результат стяжения от Филолог. Фамилия могла быть записана с ошибкой или на слух, отсюда вариант без «г». Встречаются и однокоренные фамилии — Филологов, Филологовский, но Филолнов стоит особняком из-за редукции.

Географически фамилия почти не встречается в современных справочниках, что говорит о её локальном бытовании, возможно, в среде духовенства или купечества, где греческие имена были популярны. Сословная принадлежность предков неясна, но прозвище, от которого она произошла, указывает на связь с образованием или словесностью.