Фамилия Фильварочная — редкий случай, когда в основе лежит не личное имя, не профессия и не географическое название, а конкретный предмет быта, причём с чёткой региональной окраской. Слово «фильварк» (варианты: фольварк, фильварок) в польском, белорусском и украинском языках означало помещичью усадьбу, хутор или отдельную хозяйственную постройку — скотный двор, амбар. В западнорусских говорах так называли именно скотный двор или загон для скота. Человек, получивший прозвище Фильварочный, скорее всего, жил при таком дворе или работал на нём — был пастухом, скотником или управляющим.

Суффикс -н- в основе указывает на принадлежность или отношение к предмету: фильварочный — «относящийся к фильварку». А окончание -ая выдаёт в фамилии форму прилагательного, типичную для южнорусских и украинских фамилий (сравните: Дегтярная, Кузнечная). В русской традиции такие фамилии часто закреплялись за женщинами (жена или вдова Фильварочного), но могли и напрямую характеризовать человека по месту жительства или роду занятий — без перехода в мужской род. Поэтому носитель фамилии мог быть как мужчиной, так и женщиной, в зависимости от того, как оформлялась запись в метриках.

Географически фамилия тяготеет к западу России и бывшим землям Речи Посполитой — Брянской, Смоленской, Псковской областям, а также к Беларуси и Украине. В центральной России слово «фильварк» было малоупотребительно, и фамилия там почти не встречается. Интересно, что в польском языке существует фамилия Folwarczny (Фольварчны) с тем же корнем, что подтверждает западное происхождение русского варианта.

В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые массово образовывались от крестильных имён, Фильварочная — пример так называемой «бытовой» ономастики: она возникла не в канцелярии, а в живой речи, как прозвище, привязанное к месту работы или жительства. Это делает её ценной для историков, изучающих хозяйственный уклад русской деревни XVIII–XIX веков. Сословная принадлежность предков, скорее всего, была крестьянской или однодворческой — люди, обслуживавшие помещичий скот, редко поднимались выше податных сословий.