Фамилия Фискова — женская форма, а мужская, Фисков, встречается значительно реже. В её основе лежит нецерковное имя или прозвище Фиска, которое в русских говорах имело два совершенно разных значения. С одной стороны, «фиска» (от латинского fiscus — государственная казна) — так в старину называли служителя фискальной службы, то есть сборщика податей, фискала. В народной же речи слово приобрело ироничный оттенок: фиской называли ябеду, доносчика, человека, который «фискалит». С другой стороны, в некоторых диалектах, особенно на юге России, «фиска» означала просто «сморчок», «небольшой гриб», и прозвище могли дать по внешнему сходству.

Модель образования типична для русских фамилий: суффикс -ов/-ев присоединялся к основе, указывая на принадлежность («чей сын?» — Фисков, то есть потомок Фиски). Встречаются также варианты Фискин (с суффиксом -ин) и более редкая форма Фисковский, которая могла возникнуть под польским или украинским влиянием.

Географически фамилия Фисков/Фискова тяготеет к центральным и южнорусским областям — её фиксируют в старых переписях Воронежской, Тамбовской и Рязанской губерний. В этих краях слово «фиска» в значении «доносчик» было особенно ходовым, что делает версию о прозвище более вероятной, чем «грибную». Однако полностью исключать вариант с грибом нельзя: в некоторых говорах слово «фиска» могло применяться к человеку маленького роста или щуплого телосложения — такая метафора тоже встречалась.

В дворянских родословных книгах Фисковы не числятся, фамилия явно крестьянская или мещанская. Любопытно, что она не имеет отношения к фамилии Фишер (немецкой) или Фискалов (от слова «фискал»), хотя внешнее сходство иногда вводит в заблуждение.