Фамилия Флеганов — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Её основа не связана с распространёнными крестильными именами или названиями профессий, а уходит в диалектную лексику и, возможно, иноязычные заимствования.

Словообразовательная модель проста: суффикс -ов указывает на принадлежность («чей?» — сын Флегана). Но что такое «Флеган»? Самое правдоподобное объяснение — это вариант просторечного имени Флегонт. Полное каноническое имя Флегонт (от греческого «флего» — «горящий», «пылающий») в народе часто сокращали и переделывали: Флегон, Флеган, Флеха. В таком случае Флеганов — это «сын Флегана», то есть потомок человека, носившего это редкое имя. Имя Флегонт встречается в святцах, но никогда не было массовым, поэтому и фамилия осталась штучной.

Вторая версия, менее вероятная, но имеющая право на существование, — прозвищное происхождение. В южнорусских говорах слово «флегать» могло означать «бить», «хлестать», а «флеган» — человека, который бьёт или, в переносном смысле, болтуна, пустомелю. Однако эта версия слабее: глагол редкий, а фамилий на -анов от него почти не зафиксировано. Имя Флегонт даёт более прямой и логичный путь.

Географически фамилия тяготеет к центральным и южным областям России, но из-за редкости не образует заметных гнёзд. Носители Флегановых — это, скорее всего, потомки крестьян или мещан, чей предок получил при крещении редкое имя Флегонт, которое в быту сократилось до Флегана.

Стоит отдельно сказать о возможной путанице. Фамилия Флеганов не имеет отношения к немецкому «флаг» (Flagge) или «флегель» (Flegel — «цеп»), хотя на слух такие параллели возникают. Это чисто русская фамилия с греческим корнем в основе.