Флюстова — фамилия, которая с первого взгляда кажется иноязычной, но на поверку оказывается редким вариантом исконно русского прозвища. Её основа — слово «флюст», диалектный вариант «хлюст» или «флюст». В русских говорах «хлюстом» называли пронырливого, ловкого человека, не брезгующего хитростью, или же неряху, разгильдяя (от «хлюпать», «шлёпать по грязи»). Замена начального «х» на «ф» — явление нечастое, но встречающееся в народной речи, особенно под влиянием акающих говоров или простонародного произношения иностранных слов.

Суффикс -ов указывает на типичную русскую модель образования: Флюстова — «дочь (или жена) Флюста». Мужская форма, Флюстов, могла означать «сын Флюста». Таким образом, прозвище Флюст, данное родоначальнику, закрепилось за его потомками без изменений. Фамилия эта — редкая, локализованная. Скорее всего, она возникла в одном из центральных или южнорусских регионов, где диалектная замена «х» на «ф» была более вероятна.

Интересно, что в старых документах можно встретить схожие фамилии — Флюстов, Флюстовский, а также Хлюстов, Хлюстин. Все они восходят к одному корню, но Флюстова стоит несколько особняком: её написание наводит на мысль о немецком или голландском происхождении (ср. Flüstov), но это ложный след. Этимология здесь чисто славянская, а редкий фонетический облик — результат народной переделки. Носитель фамилии Флюстова может с уверенностью считать своих предков выходцами из крестьянской или мещанской среды, получившими прозвище за характер или манеру поведения.