Мужское крестильное имя Филимон в переводе с древнегреческого означает «любимый». В основу фамилии легла производная форма имени – Фолимон. Скорее всего, основатель рода Фолимоновых был человеком из простого сословия. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Фолимон, со временем получил фамилию Фолимонов.