Фамилия Филлимонова — женская форма фамилии Филлимонов, и её основа та же, что у мужского варианта. Сразу обращает на себя внимание написание: двойное «л» — Филлимонов, а не Филимонов. Это не случайная описка, а устойчивая форма, которая встречается в документах и современных записях. Такое удвоение могло возникнуть под влиянием греческого написания имени (например, через латинскую транслитерацию) или как результат народной этимологии, когда фамилию хотели сделать «более благородной», сближая с иностранными образцами. В любом случае, это не ошибка, а вариант, который закрепился в ряде семей.

Корень фамилии — каноническое мужское имя Филимон (от греческого «филема» — поцелуй, то есть «любимый», «целуемый»). В святцах это имя носил апостол от семидесяти, ученик Павла. В русской крестьянской и мещанской среде имя было вполне употребительным, хотя и не таким частым, как Иван или Пётр. От уменьшительных форм имени (Филя, Фимоня) пошли другие фамилии — Филин, Филичев, Фимонов, а вот полная форма с суффиксом -ов указывает на прямое отчество: Филлимонов — сын Филлимона. То есть предок носителя этой фамилии, скорее всего, звался Филлимоном, и его дети получили фамилию по отцу.

Суффикс -ов типичен для русских фамилий, образованных от полных или неполных форм крестильных имён. В данном случае он указывает на принадлежность: «чей?» — Филлимонов. Такая модель была основной для большинства русских фамилий, особенно в центральных губерниях. Географически фамилия встречается по всей России, но чаще в регионах, где были сильны старообрядческие общины, так как имя Филимон почиталось в дониконовской традиции.

Интересная деталь: в некоторых говорах имя Филлимон произносили с ударением на второй слог — Филимо́н, что могло повлиять на ударение в фамилии. В современном русском языке распространены оба варианта: Филлимо́нов и Филлимо́нова, хотя орфоэпические словари склоняются к ударению на третий слог — Филлимо́нов. Если ваша фамилия пишется с двумя «л», это выделяет вас среди более распространённых Филимоновых и может указывать на конкретную ветвь рода, зафиксированную в метрических книгах XIX века.