Фамилия Филлимонов — одна из тех, где написание обманчиво. На слух она почти неотличима от более распространённой Филимонов, но двойное «л» выдает иной путь образования. Если в основе фамилии Филимонов лежит крестильное имя Филимон (от греческого «филема» — поцелуй), то Филлимонов с двумя «л» почти наверняка происходит от прозвища или искаженной формы того же имени, но с утроением согласной в народном произношении. В русских говорах имя Филимон нередко звучало как Филлимон — с растянутым, «густым» произношением, которое и закрепилось на письме.

Разбираем словообразовательную модель. Суффикс -ов стандартно указывает на принадлежность: Филлимонов — сын Филлимона. То есть предок носителя фамилии носил личное имя или прозвище Филлимон. В отличие от фамилий на -ин (например, Филимонов с одним «л» мог бы писаться как Филимонин, если бы пошёл от женской формы), здесь мы видим классическую патронимическую модель: «чей?» — Филлимонов.

Интересно, что двойное «л» в этой фамилии — не ошибка и не поздняя канцелярская описка. В дореволюционных документах встречаются оба варианта, и Филлимоновы часто селились в тех же регионах, что и Филимоновы — в центральных и южнорусских губерниях. Однако двойное написание могло закрепиться в семьях, где хотели подчеркнуть нестандартное звучание имени, либо в тех, где предка звали не Филимоном, а, скажем, Филлипом (от Филлип → Филлимонов, с народной заменой «п» на «м»). Вторая версия менее вероятна, но не исключена: в диалектах имя Филипп нередко произносили как «Филлим».

По сословной принадлежности Филлимоновы — типичная крестьянская или мещанская фамилия. Дворянских родов с таким написанием практически не зафиксировано, что подтверждает её «низовое» происхождение: фамилия возникла в среде, где имя записывали на слух, не сверяясь с церковными календарями. Сравните с однокоренными Филатов, Филонов, Филиппов — все они из того же гнезда, но Филлимонов выделяется именно графической двойственностью.

Сегодня фамилия редкая, и её носители нередко сталкиваются с путаницей в документах. Но для этимолога двойное «л» — не помеха, а подсказка: оно говорит о том, что фамилию не придумали в канцелярии, а записали с голоса, сохранив живую народную речь.