Фамилия Фоменкина — женская форма фамилии Фоменкин, и чтобы понять её происхождение, нужно разобрать мужской вариант. В основе фамилии лежит имя Фома (каноническая форма — Фома, в быту часто звучало как Фомка, Фоменя). Фоменкин — это не просто отчество от имени, а образование с помощью двойного суффикса: сначала уменьшительно-ласкательный -енк- (Фоменя — «маленький Фома»), а затем притяжательный -ин, указывающий на принадлежность: «чей?» — Фоменкин, то есть сын или потомок Фомени.

Такая модель — от имени на -еня через суффикс -ин — встречается реже, чем стандартные -ов/-ев, и характерна для северных и центральных регионов России, где в XVI–XVII веках была распространена «семейная» форма на -ин даже для прозвищ, не оканчивающихся на -а/-я. У фамилий на -енкин часто прослеживается связь с конкретной местностью: например, в писцовых книгах Новгородской и Вологодской губерний встречаются крестьяне с прозвищем Фоменя, от которых пошли Фоменкины.

Имя Фома — греческого происхождения, означает «близнец», но в русской народной среде оно не потеряло библейского оттенка (апостол Фома, известный как «неверующий»). Однако в крестьянской среде имя было распространено без всякой книжности: Фомой могли назвать любого второго ребёнка в семье или просто по святцам. Прозвище Фоменя могло также относиться к человеку с каким-либо характерным признаком, связанным с образом апостола — например, недоверчивому или упрямому.

Социальный контекст: Фоменкины, как правило, были крестьянами или посадскими людьми. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, а значит, предки носительницы фамилии скорее всего были пашенными крестьянами или ремесленниками. В современных телефонных справочниках фамилия встречается в основном в Центральной России и Поволжье, что подтверждает её «низовое» происхождение.

Если говорить о вариантах написания: ударение в фамилии Фоменкина падает на второй слог — Фомéнкина, хотя в говорах может смещаться на первый. В документах XIX века встречается написание через «а» — Фаменкин, что отражает акающее произношение, но в литературной норме закрепилась форма с «о».