Фамилия Фоменский — классический пример того, как отчество превратилось в фамилию через суффикс принадлежности. В её основе лежит имя Фома — русская форма апостольского имени Фома. Суффикс -енск- указывает на то, что фамилия образована не напрямую от имени, а через прозвище или притяжательное прилагательное: сначала появилось имя Фома, затем отчество Фоменя (в диалектах — уменьшительная или обиходная форма), и уже от неё — Фоменский, то есть «сын Фомени» или «родом от Фомени».

Это типичная фамилия для регионов, где были распространены украинские, белорусские и южнорусские говоры. В северных и центральных областях России чаще встречается Фомин (от Фома), а Фоменский — более редкий вариант, который мог возникнуть в среде казачества или шляхты. Суффикс -ский изначально был знаком дворянского или служилого происхождения, но со временем его стали использовать и крестьяне, особенно на западе и юге Российской империи.

Обычно фамилию давали по отцу, но возможен и вариант, что предок был прозван Фомой не по имени, а по какой-то черте — например, по наивности или недоверчивости (в народе бытовало выражение «Фома неверующий»). Впрочем, первая версия правдоподобнее: подавляющее большинство фамилий на -ский с корнем Фом- восходят именно к крестильному имени.

Географически фамилия Фоменский чаще всего встречается в Беларуси, на Смоленщине, в Черниговской и Киевской областях. В архивных записях XVIII–XIX веков такие фамилии нередко фиксировали у мещан и однодворцев — то есть свободных, но недворянских сословий.

Спорных версий у этой фамилии почти нет. Единственное, что может сбить с толку, — случайное совпадение с фамилией Фоминский (от села Фоминское), но Фоменский — это именно «родовой» вариант, а не топонимический.