Основой фамилии Фоминых послужило имя Фома. Фамилия Фоминых восходит к известному мужскому имени Фома (в переводе арамейского - «близнец»). Поэтому выражение «Фома неверующий» стало нарицательным для недоверчивого слушателя. Суффикс –ых характерен для фамилий Русского Севера.