Фамилия Фомяков образована от имени Фома, которое пришло на Русь вместе с христианством из древнееврейского языка и означает «близнец». В русской народной традиции это имя стало настолько привычным, что породило множество производных форм. Одна из них — Фомяка — легла в основу фамилии. Суффикс -як- здесь придаёт уменьшительно-ласкательный или обиходный оттенок, характерный для северных и центральных говоров. По такой же модели возникли, например, фамилии Степаняков или Иванчяков, но Фомяков стоит особняком: в отличие от них, у него нет распространённых вариантов с другим суффиксом — Фомяков пишется устойчиво.

Словообразовательная цепочка проста: Фома → Фомяка → Фомяков. Суффикс -ов указывает на принадлежность: «сын Фомяки» или «из рода Фомяки». В дореволюционных переписях фамилия чаще всего встречалась в Вологодской и Архангельской губерниях, где имя Фома было особенно популярно среди крестьян и посадских людей. В этих краях Фомякой могли называть не только по имени, но и по прозвищу — так, бытовала поговорка «Фомяка — не ври, не надейся», что намекает на возможную хитроватость первого носителя.

Среди однокоренных фамилий — Фомин, Фомкин, Фомичев — Фомяков выделяется именно суффиксом -як-, который реже используется в русских фамилиях, чем -ин или -ов. Это не ошибка письма и не диалектное искажение, а полноценная модель, зафиксированная в ономастических работах. В современных справочниках фамилия считается редкой: по данным на начало XXI века, её носители сосредоточены в основном на севере Европейской России, а также в Сибири, куда переселялись вологодские крестьяне в XIX веке.

Если говорить о социальном контексте, то Фомяковы в большинстве своём были крестьянами или ремесленниками. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, что типично для фамилий, образованных от народных форм имени без княжеских или боярских корней. Впрочем, это не делает её менее древней: прозвище Фомяка могло появиться ещё в XVI–XVII веках, а сама фамилия оформилась к концу XVIII столетия, когда у крепостных и государственных крестьян начали массово записывать наследственные прозвания.