Фамилия Фонтанарь — редкий случай, когда русская по форме фамилия явно указывает на итальянские корни. В отличие от множества «говорящих» фамилий ремесленников, эта не кричит о профессии, а скорее намекает на место или род занятий, связанный с водой.

Основа фамилии — итальянское слово «fontana» (фонтан, источник, ключ). Суффикс «-арь» в русском языке — классический обозначитель профессии: аптекарь, пекарь, звонарь. Соединившись, эти части дают значение «фонтанщик» или «тот, кто имеет дело с фонтаном». Однако важно понимать, что в России XVIII–XIX веков фонтаны были редкостью — в основном в дворянских усадьбах и парках. Поэтому носитель фамилии мог быть не просто смотрителем фонтана, а мастером-гидротехником, наладчиком водных устройств, или же человеком, жившим у знаменитого фонтана (например, в Петергофе или Царском Селе).

Вероятнее всего, фамилия возникла не в крестьянской среде, а среди служилых людей или мастеровых, приглашённых для работы с водоснабжением. Итальянские архитекторы и инженеры-гидравлики работали в России со времён Петра I, и их русские помощники или крещёные итальянцы могли получить такое прозвище. В пользу этого говорит и географическая привязка: основная масса носителей фамилии Фонтанарь исторически сосредоточена на юге России и в Крыму, где было много итальянских колоний и где водные источники ценились особо.

Суффикс «-арь» в фамилии — не окончание, а именно профессиональный суффикс. Это отличает Фонтанаря от, скажем, Фонтанова (где суффикс «-ов» указывает на принадлежность: «чей?» — «Фонтанов сын»). Фамилия Фонтанарь — прямая, непатронимическая, она застыла в форме прозвища-профессии.

Встречаются варианты написания с одной «н» — Фонтарь, но это, скорее всего, результат упрощения при записи в документах. Искать корни фамилии стоит в южных губерниях Российской империи, особенно в Таврической и Херсонской, а также среди потомков иностранных специалистов, осевших в России.