Фамилия Фонтанин — один из тех редких случаев, когда русская фамилия образована не от бытового прозвища или имени, а от заимствованного слова, причём с явным книжным или искусственным оттенком. В основе лежит существительное «фонтан», которое пришло в русский язык через польское или немецкое посредничество из латинского fontana («источник, ключ»). Суффикс -ин указывает на принадлежность: буквально Фонтанин — «сын Фонтана» или «человек из рода Фонтана». Но здесь важно, что «Фонтан» в роли личного имени или прозвища в крестьянской среде практически не встречается — это нехарактерно для традиционного русского именослова.

Вероятнее всего, фамилия возникла в среде духовенства. В семинариях XVIII–XIX веков было принято давать будущим священникам «благозвучные» фамилии по церковным праздникам, латинским и греческим словам, а также по названиям растений, камней и природных явлений. Фонтанин мог получить студент, чья фамилия по отцу казалась слишком простой (скажем, Иванов или Петров), а преподаватель выбрал слово, ассоциирующееся с «источником» — возможно, в евангельском смысле «источника воды живой». Такая практика хорошо описана в работах Б. Унбегауна: он называл семинарские фамилии «искусственными» и отмечал их обилие среди русского духовенства.

Менее вероятна, но всё же возможна версия, что Фонтанин — это русифицированная форма итальянской или французской фамилии Fontana или Fontaine. В XVIII–XIX веках в Россию приезжали архитекторы, инженеры и художники из Италии и Франции, и их потомки могли адаптировать фамилию под русскую модель, добавив суффикс -ин. Например, в Петербурге работал архитектор Доменико Фонтана, но его фамилия обычно не русифицировалась. Если же Фонтанин — потомок такого специалиста, то предок был, скорее всего, человеком городским, образованным, возможно, связанным со строительством фонтанов или водоснабжением.

Географически фамилия редкая. Встречается в основном в центральных регионах России и в Поволжье, но не образует заметных гнёзд. В дореволюционных метрических книгах Фонтанины попадаются среди мещан и купцов, реже — среди крестьян. Это косвенно подтверждает версию о семинарском или городском происхождении: в деревнях фамилия с такой «непонятной» основой приживалась плохо.

Таким образом, Фонтанин — фамилия-исключение, которая выдаёт не крестьянское, а скорее книжное или профессиональное прошлое своих первых носителей. Если предок был священником — фамилия могла быть дана при поступлении в семинарию. Если мирянином — то, скорее всего, он или его отец имели дело с водой: строили фонтаны, рыли колодцы или просто жили возле ключа, но в последнем случае прозвище «Фонтан» для русского человека звучит неестественно, и версия с духовенством остаётся основной.