Фамилия Фонтаненков образована от прозвища Фонтан, которое относится к так называемым «профессиональным» именованиям, содержащим указание на деятельность человека. Вполне вероятно, что так называли фонтанщика, фонтанного мастера, смотрителя. По другой версии, данная фамилия восходит к топониму Фонтанка — так называется река, протекающая через Санкт-Петербург. Возможно, что предок Фонтаненковых родился на берегу этого водоема. Не исключено также, что данная основатель рода Фонтаненковых жил не далеко от фонтана. В таком случае эта фамилия указывала на место жительства родоначальника. Со временем, вероятно, род Фонтаненко переехал в Россию, где и произошла русификация фамилии путем добавления суффикса -ов. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Фонтан, со временем получил фамилию Фонтаненков.