Фамилия Фотини — редкий случай, когда русская по форме фамилия восходит к греческому личному имени, а не к местному прозвищу или профессии. В её основе лежит каноническое имя Фотин (женская форма — Фотина), которое в переводе с греческого означает «светлый», «сияющий». В святцах это имя связано с раннехристианскими мучениками, поэтому оно было распространено в среде духовенства и среди крестьян, получивших имя при крещении.

Модель образования здесь нестандартная. Если бы фамилия формировалась по правилам русской патронимии, от имени Фотин мы ждали бы Фотин-ов или Фотин-ин. Но окончание -и характерно для фамилий, которые возникли из родительного падежа имени: «чей?» — Фотини. Такая модель редка, но встречается у фамилий, унаследованных от греческих или южнославянских переселенцев, где сохранилась архаичная форма. В русской традиции она могла закрепиться в среде духовенства, где греческие имена и их произношение были в почёте.

Географически фамилия тяготеет к югу России и Украины, а также к регионам, куда переселялись греки — например, Приазовье. Встречается она и у потомков священнослужителей, которые получали фамилии по имени святого, а не по отцу. Ударение, скорее всего, падает на последний слог — Фотини́, что тоже выдает нерусское происхождение.

В отличие от фамилий вроде Фотинов или Фотин, которые просто означают «сын Фотина», Фотини несёт отпечаток книжной, церковной среды. Это не фамилия крестьянина или ремесленника, а скорее фамилия выходца из духовного сословия или греческого переселенца, сохранившего форму имени без русификации.