Фамилия Фрегин — редкая и неочевидная по происхождению. С первого взгляда кажется, что в ней слышится что-то западное, но на поверку это, скорее всего, русская фамилия, образованная от прозвища.

Основа — «Фрега» или «Фрегат». Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Фрегин, то есть сын Фреги. В русской ономастике прозвища от названий кораблей встречаются, но редко. Прозвище Фрега могли дать моряку, служившему на этом типе судна, или человеку с быстрой, «парусной» походкой. Однако в крестьянской среде, далёкой от флота, такое прозвище маловероятно. Более правдоподобна версия, что Фрега — это искажённое, «опрощенное» произношение канонического имени. Например, от редкого крестильного имени Феогний (греч. «богорожденный») или Феогност. В бытовой речи сложные греческие имена часто резали до одного-двух слогов: Феогний мог превратиться в Фрегу.

Другая, менее вероятная гипотеза — связь с диалектным словом. В северных говорах «фрегать» означало «ворчать, брюзжать». Тогда Фрега — прозвище ворчливого человека. Но это лишь предположение, не подкреплённое широкой фиксацией такого слова в словарях.

Географически фамилия Фрегин встречается точечно. По данным современных телефонных справочников и баз, носители живут в основном в центральной России и Поволжье, но численность их крайне мала. Это не массовая фамилия, что подтверждает её позднее закрепление или локальное происхождение.

Если сравнивать с однокоренными, то напрашивается фамилия Фрегатов — она более «прозрачна» по смыслу и тоже редка. Фрегин же прошёл дополнительную стадию усечения основы, что типично для прозвищ, перешедших в фамилии в XVIII–XIX веках.

Итог прост: Фрегин — фамилия-загадка. Скорее всего, в её основе лежит сокращённая форма церковного имени, и предок носителя был обычным крестьянином или мещанином, которого в документах записали по отцу — Фрегину.