Фамилия Фруктовский — одна из тех, что «пахнет» географией, а не садоводством, как могло бы показаться на первый взгляд. Её основа — не прямое указание на занятие предка, а скорее всего, название места, откуда он был родом.

Суффикс -ский — типичный признак дворянских или шляхетских фамилий в Польше, на Украине и в западных губерниях Российской империи. Он указывал на принадлежность к местности: владелец поместья Фруктово или выходец из села Фруктовка получал прозвание Фруктовский. Поиск по картам и архивным записям подтверждает: хутора и урочища с названием Фруктовое или Фруктовка встречались в Подольской, Волынской и Киевской губерниях. В основе таких топонимов лежало народное прозвище «Фрукт» — так могли называть пришлого человека, щеголя, любителя заморских диковин или просто обладателя яркой, «сочной» внешности.

Менее вероятна, но не исключена версия искусственного происхождения. В семинарской среде, где будущим священникам давали «благозвучные» фамилии по церковным праздникам или растениям, могли образовать Фруктовский от латинского fructus — «плод». Однако для семинарий типичнее были фамилии вроде Рождественский или Виноградов, а Фруктовский звучит слишком «светски» и привязано к бытовому слову, а не к церковной символике.

Сословно фамилия не была закреплена за дворянами. В ревизских сказках XIX века Фруктовские числятся среди мещан и крестьян западных губерний, реже — среди однодворцев. Это говорит о том, что предки носителя фамилии, скорее всего, были не помещиками, а вольными или государственными крестьянами, жившими на земле с «фруктовым» названием.

Написание фамилии устойчиво: через -овск-, а не -евск-, что подчёркивает твёрдую основу «Фрукт». Встречающийся изредка вариант Фруктовский с ударением на первый слог (Фруктовский) — скорее диалектная или канцелярская ошибка, нормативное ударение падает на второй слог: Фрукто́вский.