Фамилия Фрушенковы — редкий случай, когда основа не лежит на поверхности и не поддаётся однозначному толкованию с ходу. Если отбросить очевидное, но ложное сближение с «фруктом» (такая версия возникает у многих, кто видит фамилию впервые), остаётся несколько более серьёзных путей.

С точки зрения словообразования, перед нами типичная русская фамилия на -ов, образованная от прозвища или имени Фрушенко, а то и напрямую от слова «фруш» (или «фруша»). Ключ к разгадке — в диалектах и в истории западных и южных земель России. Наиболее правдоподобная версия связывает основу с глаголом «фрукать» — так в некоторых говорах (особенно смоленских, псковских, а также в белорусском языке) называли фырканье, ворчание, сердитое сопение. Человек, который постоянно фыркал, ворчал или издавал носом звуки недовольства, получал прозвище Фруш или Фруша. От него через патронимический суффикс -енк- (указывающий на «малого», сына) образовалось семейное имя Фрушенко, а затем и окончательная форма Фрушенков — «сын Фрушенко», то есть потомок ворчуна.

Вторая, менее вероятная, но не исключённая версия — от личного имени Ефросин или Евфросин (разговорная форма Фрося, Фруся). В просторечии имя могло редуцироваться до Фруш, и тогда фамилия означала бы «потомок Фруша» (из Ефросина). Однако эта версия слабее, так как переход от Фроси к Фрушу нехарактерен для русской антропонимии, а вот звукоподражательная основа «фрук-/фруш-» встречается в фамилиях Фрушкин, Фрухин, Фрушков.

Географически фамилия Фрушенковы привязана к западным и юго-западным регионам России (Смоленщина, Брянщина, Псковщина), а также к Украине и Беларуси. Суффикс -енк- в основе (Фрушенко) — яркая примета украинской или белорусской ономастики, которая затем обрусела при переселении носителей в центральные губернии. В дореволюционных метрических книгах фамилия встречается в основном среди крестьян и мещан, что типично для фамилий, образованных от прозвищ по характеру.

Таким образом, Фрушенковы — потомки человека, которого за привычку сердито фыркать или ворчать прозвали Фрушем. Фамилия сохранила живую, почти звуковую память о своём родоначальнике, и в этом её главная ценность для историка.