Фамилия Фрузенков напрямую отвечает на вопрос о происхождении: её основа — восточное имя Фруз. Это персидское мужское имя, которое переводится как «освещающий, озаряющий». Нарекая так сына, родители вкладывали в имя пожелание, чтобы мальчик вырос добродушным, умным и воспитанным. Суффикс -енков указывает на модель образования, типичную для русских фамилий: от имени отца, Фруза, через промежуточную форму отчества Фрузенок, то есть «сын Фруза».

Есть и альтернативная, но менее правдоподобная версия, которая связывает фамилию с итальянским городом Фрузиноне, расположенным недалеко от Рима. Этот город известен преданиями о чудесах: однажды посреди ночи там воссиял свет, а ещё родился ребёнок ростом с четырёхлетнего, причём невозможно было определить, мальчик это или девочка. Сторонники этой гипотезы предполагают, что человек с фамилией Фрузенков мог быть жителем или уроженцем Фрузиноне.

Однако такая трактовка вызывает сомнения. Словообразовательная модель фамилии Фрузенков — чисто славянская, с характерным уменьшительным суффиксом -енок/-енков, который в русских фамилиях почти всегда присоединялся к личному имени или прозвищу, а не к названию города. Географические прозвища обычно давали по названию местности, но форма «Фрузенков» для выходца из Фрузиноне звучала бы как «Фрузинонский» или «Фрузинский». Поэтому версия с персидским именем выглядит значительно убедительнее.

Само имя Фруз в русской традиции — редкость, что делает фамилию заметной на фоне более частотных образований от славянских или греческих имён. Подобные восточные заимствования в ономастиконе могли появиться через торговые пути или культурные контакты, но в случае с Фрузенковым мы имеем дело скорее с единичным случаем наречения, закрепившимся в роду.