Фамилия Фрушенков — редкий случай, когда основа не бросается в глаза, а суффикс даёт ключ к разгадке. В ней отчётливо выделяется суффикс -енк-ов, а это почти всегда указывает на украинское или белорусское происхождение. В русской традиции фамилии на -енко (Фрушенко) оставались без изменений, а на -енков — это уже обрусевшая форма, где к украинскому «Фрушенко» добавили русский патронимический суффикс -ов. То есть предок носителя фамилии, скорее всего, был выходцем с территории современной Украины или юга России, а его фамилию «переоформили» по московскому образцу.

Корень «Фруш-» — самый спорный и интересный элемент. Прямого славянского слова «фруш» в древнерусском языке нет. Самая правдоподобная версия — от прозвища Фруш, которое могло возникнуть из диалектного варианта слова «хрущ» (жук, майский хрущ) или «хруст». В южнорусских и украинских говорах начальное «х» перед гласными нередко переходило в «ф» (сравните: «хрущ» и диалектное «фрущ»). Человек мог получить прозвище Фрущ/Фруш за скрипучий голос, за привычку хрустеть суставами или даже за профессию — сборщика майских жуков, которых в голодные годы сушили и ели. Менее вероятно, но тоже возможно, заимствование из немецкого «froh» (весёлый) или польского «frasunek» (огорчение, забота), но это скорее догадки, не подкреплённые ареалом фамилии.

Морфология фамилии говорит о том, что Фрушенков — это «сын Фрушенка», а Фрушенко — «сын Фруша». Таким образом, родоначальник — человек по прозвищу Фруш. Фамилия недворянская, типичная для крестьянского или мещанского сословия. Географически Фрушенковы встречаются точечно, в основном на Смоленщине, в Брянской области и на западе Тверской земли — как раз в зоне исторического смешения русских и белорусских говоров, где такие переходы звуков были нормой.